International Journal of Innovative Approaches in Science Research
Abbreviation: IJIASR | ISSN (Print): 2602-4810 | ISSN (Online): 2602-4535 | DOI: 10.29329/ijiasr

Volume 6 Issue 1 (March 2022)

Issue Information

Issue Information | International Journal of Innovative Approaches in Science Research Vol. 6 (1)
Issue Information

pp. i - vi   |  DOI: 10.29329/ijiasr.2022.433

Abstract

Keywords:

Original Articles

Original article | International Journal of Innovative Approaches in Science Research Vol. 6 (1)
Truncus Coeliacus ve Dallarının Embriyolojik Kökenli Varyasyonlarının Araştırılması

Hatice Kübra Başaloğlu & Hulki̇ Başaloğlu

pp. 1 - 11   |  DOI: 10.29329/ijiasr.2022.433.1

Abstract

Aorta abdominalis’in visceral dallarından olan truncus coeliacus (TC) kısa ve kalın bir arterdir. Mide, dalak, karaciğer, pankreas, duodenum gibi organların kanlanmasını sağlar. Sayıları organları beslemek için üç ana arter dalına ayrılır. a. gastrica sinistra (AGS), a. splenica (AS) ve a. hepatica communis (AHC).  Truncus coeliacus’un sayılan dallarının çıkış, iki dalının farklı şekillerde birleşik olarak aorta abdominalis’den (AA) çıkışı, bazen de a. mesenterica superior (AMS) ile TC’un dallarının birleşik olarak AA’den çıkması gibi durumlarla karşılaşılmaktadır. Çok sayıda araştırıcı TC dallarının varyasyonları ile ilgili çalişmalar yapmışlar sonuçlarını literatürde paylaşmışlardır. Bizde araştırmamızda anatomik ve klinik önemi olan TC varyasyonlarının sonuçlarını sunmayı amaçladık. Diğer taraftan da iki olguyu önemi nedeniyle açıkladık. İncelemeye aldığımız 44 kadavranın 6 (% 13.6)’sında hepatolineal kütüğe rastladık. Bir olguda (%2.3) hepatomesenterik kütüğe rastladık. Geriye kalan 37 olguda (%84) TC şekillenmişti. 44 kadavranın orijinal olan 2 tanesi ayrı ayrı değerlendirildi. Olgu 1 de TC’dan a. gastrica sinistra ayrıldı ve karaciğere giden a.  hepatica sinistra aberrans olarak devam etti. Bu olguda a. hepatica communis oluşmuştu. Olgu 2 de TC oluşmuştur a. gastrica dextra ve a. hepatica propria ayrıdı, ayrıca AMS dan aberrant ramus dexter dalı ayrıldı.

Keywords: Truncus Coeliacus, Truncus Coeliacomesenterica, Varyasyon

Original article | International Journal of Innovative Approaches in Science Research Vol. 6 (1)
Bacillus Boroniphilus Genom Dizisinin Tamamlanması Çalışmaları ve Gap Bölgelerindeki Transpozaz Kodlayan Gen Dizilerinin Belirlenmesi

Merve Sezer Kürkçü, Bekir Çöl, Hi̇lal Özdağ, Yeşi̇m Doğan & Zeynep Özkeserli̇

pp. 12 - 22   |  DOI: 10.29329/ijiasr.2022.433.2

Abstract

Yeni nesil sekanslama (next-generation sequencing, NGS) teknolojisinin geliştirilmesi ile canlılardaki genomik bilginin açığa çıkartılması önemli derecede hız kazanmıştır. Bu gelişme ile genomları belirlenen organizmaların sayısındaki artış dikkat çekmektedir. Bu sekanslama yönteminde temel yaklaşım, tüm genomun kısa dizilere bölünmesi ve fragmentler halinde okunması ve ardından bunlar için geliştirilen yazılım programları ile bu fragmanların birleştirilmesidir (Contig Assembly). Ancak, bu kısa dizileri okuma yaparak sekanslama (short-read sequencing) platformlarının bazı kısıtlamalarının olduğu görülmüştür. Bu yeni sekanslanan genom dizilerinin çoğunun tamamlanmamış, genetik içeriği temsil eden taslaklar halinde kaldığı bilinmektedir.

Bu çalışmada, yüksek bor konsantrasyonu içeren ortamlarda yaşayabilen Bacillus boroniphilus bakterisinin genom belirlenmesi çalışmaları sırasında, belirlenemeyen sekans dizilerinin hangi DNA dizileri olduğunun açıklığa kavuşturulması amaçlanmıştır. Genom birleştirme işlemleri sırasında görülen gap (boşluk) bölgelerinin sekans dizilerinin belirlenebilmesi için yüzlerce primer dizayn edilerek PZR işlemleri sonucu elde edilen ürünlerin sekans analizlerinin sonuçlarının değerlendirilmesi ile neredeyse hepsinin transpozaz olduğu görülmüştür. Gap bölgeleri hakkında elde edilen bu bilgiler yeni nesil genom sekanslama çalışmalarındaki verimliliğin arttırılması için oldukça önemlidir.

Keywords: Transpozaz, Yeni Nesil Genom Sekanslama, Gap (Boşluk), Bacillus Boroniphilus, Shotgun Sekanslama